Dopo le fasi di stoccaggio e lavorazione, i rifiuti in deposito vengono inviati allo smaltimento definitivo. Questo avviene una volta ottenuto un quantitativo di materiale che, per composizione e quantità, possa essere inviato all’impianto di smaltimento definitivo precedentemente individuato. In pratica, dal Centro escono in prevalenza macropartite di rifiuto ottenute dalla miscelazione o dall’accorpamento di partite più piccole.
Le partite in uscita vengono smaltite conformemente ai contratti in essere con gli impianti di destinazione, ad esempio: depuratori (per rifiuti liquidi), inceneritori (per rifiuti sia solidi che liquidi), discariche (rifiuti solidi), distillazione (solventi) o altri impianti di recupero (materiali vari individuati dalla normativa vigente, generalmente solidi, come ad esempio terreni da scavo o fanghi di depurazione acque).
Nel corso degli ultimi anni, data anche la carenza nel territorio italiano di impianti per lo smaltimento definitivo di rifiuti industriali, soprattutto pericolosi, la direzione di Eco-Energy si è orientata verso lo smaltimento in altri Paesi europei, mediante apertura di notifiche per la spedizione transfrontaliera di rifiuti.

Ogni notifica richiede esplicita autorizzazione da parte della Regione Veneto e dal Ministero per l’ambiente del Paese di destinazione, nonché del Paese (o Paesi) di transito.
Attualmente Eco-Energy esporta circa il 95% dei rifiuti in uscita dal proprio impianto (perlopiù miscele di rifiuti anche pericolosi, ma anche terreni contaminati), soprattutto verso impianti tedeschi e danesi.
Dei rifiuti gestititi da Eco-Energy un 30% circa viene avviato a impianti di recupero, anch’essi prevalentemente esteri.
Nel seguente grafico si rappresentano le tipologie di rifiuti oggetto di recupero dal 2004 in poi. Come si può vedere, la tipologia quantitativamente prevalente è data da “terre e rocce da scavo”: si tratta perlopiù di terreni provenienti da operazioni di scavo o di bonifica, avviati al recupero specialmente all’estero (in Germania, mediante notifiche di esportazione) dove vengono trattati e riutilizzati ad esempio per il riempimento e la stabilizzazione di cave dimesse.